Сделай холостой ход побольше, его по логике и будет потряхивать из-за расширенных фаз. А теперь предстоит кропотливая работа по настройке вала...

Для начала не мешало бы снять переднюю крышку двигателя, посмотреть состояние натяжителя, башмака и успокоителя, а также цепи и звезд. Возможно потребуется разрезная шестерня. Судя по фотографиям несовпадение 1-1,5 зуба.